2000 • Sede de la Reunión Anual de la Junta de Directores de Conservación Internacional a nivel Mundial. • Se implementa un proyecto de agricultura orgánica en la comunidad Cruce Dos Aguadas a través de un grupo comunitario de trabajadores de la milpa. El proyecto es aceptado rápidamente tanto por ladinos como por indígenas Q'eqchi' y si logra una colaboración sin precedente entre los grupos étnicos. Crean un mercado comunitario y comienzan a procesar vegetales orgánicos para la venta.
2001 • Conservación Internacional y ProPetén comienzan el proceso de establecer a ProPetén como una organización no gubernamental independiente. • En colaboración con “Family Health International” el programa Remedios provee entrenamiento en planificación familiar y salud reproductiva a todos los trabajadores de salud del gobierno en el distrito de Petén.
2002 • Julio de 2002 ProPetén se independiza de Conservación Internacional y se convierte en una organización no gubernamental guatemalteca con su propia junta directiva. Ahora ProPetén tiene el reto y la oportunidad de levantar sus propios fondos y continuar su misión en pro del manejo y la conservación de los recursos naturales de la Reserva de la Biosfera Maya con la participación y en beneficio de los residentes del área, como también para todos los guatemaltecos y demás seres humanos.
2003 • 28 de mayo - Muere de forma inesperada el director y fundador de ProPetén, el Sr. Carlos Soza Manzanero. • Julio - Conservación Internacional completa el traspaso de activos fijos a ProPetén.