2004 • Fundación ProPetén es seleccionada como representante titular de todas las ONGs con presencia en Petén, ante el Consejo Regional de Desarrollo Urbano y Rural por el término de dos años (2004-2005) como un resultado de la apertura del Gobierno Guatemalteco hacia la descentralización y participación de la sociedad civil, contemplados en los Acuerdos de Paz firmados en 1996 entre el Gobierno y la URNG (Unidad Revolucionaria Nacional Guatemalteca).
2005 • Se inicia la reingeniería desde el análisis de funcionamiento con una estructura programática que permitiera trabajar por la consecución de procesos, los cuales se soportan con proyectos afines, tanto para el fortalecimiento institucional, la planificación estratégica, el fortalecimiento del manejo administrativo y financiero, diversificación de donantes, la consecución de indicadores de cambio, áreas temáticas en el manejo de áreas protegidas, alternativas productivas y población, salud y medio ambiente. Todos los programas con enfoque transversal en multiculturalidad y equidad de género. Y finalmente con un proceso actual de expansión geográfica y compromiso local. • Se realiza la grabación de la Radionovela "Entre Dos Caminos" en idioma Q'eqchi' y español y es transmitida por cinco emisoras radiofónicas locales.
2006 • Se inicia el proceso de consolidación de la estructura programática, para lo cual se están realizando esfuerzos en buscar los fondos que faciliten la contratación del personal idóneo que dirija los programas técnicos, de modo que pueda cubrirse a cabalidad el organigrama.